三明市的自然資源主要包括土地資源、礦產資源、森林資源、旅游資源等。
【土地資源】 2019年,三明市土地總面積229.65萬公頃,其中,耕地面積19.59萬公頃,占土地總面積的8.53%;園地面積6.88萬公頃,占土地總面積的3%;林地面積182.92萬公頃,占土地總面積的79.65%;草地面積3.41萬公頃,占土地總面積的1.49%;城鎮村及工礦用地面積5.38萬公頃,占土地總面積的2.34%;交通運輸用地面積2.84萬公頃,占土地總面積的1.24%;水域及水利設施用地面積4.51萬公頃,占土地總面積的1.96%;其他土地面積4.12萬公頃,占土地總面積的1.79%。
【礦產資源】 截至2019年年底,三明市發現各類礦產79種,探明資源儲量的有64種,其中:能源礦產1種,金屬礦產18種,非金屬礦產45種。全市開發利用的礦產43種,優勢礦種有重晶石、鎢礦、稀土、螢石、石墨、水泥用灰巖等。
礦產分布相對集中,鐵礦主要分布在大田,鎢礦分布在的寧化、清流等地;金、銀、銅礦主要分布在尤溪、泰寧等地;煤集中在大田、永安等地;水泥用灰巖分布在永安、大田、將樂等地;螢石分布在將樂、明溪、清流等地;稀土主要分布在寧化、清流、明溪及尤溪等地。已形成大田-永安煤礦、清流-明溪螢石礦、尤溪梅仙鉛鋅礦、寧化行洛坑鎢礦、永安坑邊水泥用灰巖等一批重要資源基地。
【森林資源】三明市是中國南方重要的集體林區,是全國最綠省份的最綠明珠,也是生態環境上具有特殊性的一個林區,森林生態保護建設在建設綠色海峽西岸中起到重要支撐作用。截至年底,三明市林地面積190萬公頃,占全市土地總面積的82.7%,森林面積180.8萬公頃(含非規劃林地上的森林),森林覆蓋率78.73%,森林蓄積量1.82億立方米,林分平均畝蓄積量8.4立方米,位居全省各設區市第一。全市重點生態區位林面積61.67萬公頃,其中生態公益林面積48.67萬公頃(國家級41.53萬公頃,省級7.14萬公頃),重點生態區位內商品林面積13萬公頃。全市用材林100.4萬公頃,其中天然商品喬木林保護試點面積34.2萬公頃(含重點生態區位內的3.13萬公頃)。
【國家森林公園】國家森林公園有三明仙人谷國家森林公園、三元國家森林公園、福建貓兒山國家森林公園、將樂天階山國家森林公園、福建閩江源國家森林公園、福建九龍竹海國家森林公園等6處。
【地質公園】世界地質公園有泰寧世界地質公園1處;國家地質公園有泰寧大金湖國家地質公園、寧化天鵝洞國家地質公園、永安國家地質公園、三明郊野國家地質公園、清流溫泉國家地質公園5處。
【國家A級旅游景區】國家AAAAA級旅游景區1個(泰寧風景旅游區),國家AAAA級旅游景區有永安桃源洞—鱗隱石林、梅列瑞云山、三元格氏栲、將樂玉華洞、沙縣小吃文化城等15個,國家AAA級旅游景區有將樂常青旅游區、清流中華桂花文化園等35個,國家AA級旅游景區有永安馬洪中央紅軍標語博物館景區1個。
【國家級自然保護區】國家級自然保護區5個(福建峨嵋峰國家級自然保護區、福建龍棲山國家級自然保護區、福建天寶巖國家級自然保護區、福建閩江源國家級自然保護區、福建君子峰國家級自然保護區)。